Theo phương án tài chính được Bộ GTVT phê duyệt, hợp đồng BOT ký kết giữa Bộ GTVT với nhà đầu tư thì Công ty CPĐT Đèo Cả được thu phí tại trạm Nam Hải Vân từ tháng 1-2017. Tuy nhiên, việc thu phí tại trạm Nam Hải Vân không thực hiện được do trạm Bắc Hải Vân đang thu phí để hoàn vốn cho dự án BOT Phước Tượng - Phú Gia.

Hiện nay, chi phí quản lý vận hành hầm Hải Vân 1 khoảng gần 100 tỉ đồng/năm. Tại Văn bản số 70/TTg-KTN ngày 12-1-2016, Thủ tướng Chính phủ chấp thuận về nguyên tắc việc bố trí 7 trạm thu phí (trong đó có trạm Nam Hải Vân, La Sơn - Túy Loan) để hoàn vốn cho dự án hầm Đèo Cả. Bộ GTVT đã phê duyệt phương án tài chính hoàn vốn dự án tại Quyết định số 3107/QĐ-BGTVT ngày 5-10-2016 với thời gian hoàn vốn khoảng 28 năm. Như vậy, cần nguồn kinh phí khoảng 2.660 tỉ đồng/28 năm (nếu tính thêm hệ số trượt giá sẽ là 5.548tỉ đồng) để quản lý vận hành hầm Hải Vân 1. Đây là khoản kinh phí quá lớn và nếu không có giải pháp để đảm bảo thì doanh nghiệp không thể cân đối được.

Trước việc nhà đầu tư đã không được thu phí hoàn vốn tại trạm Nam Hải Vân theo đúng cam kết mà thu chung tại trạm Bắc Hải Vân, hoàn vốn dự án hầm Phú Gia - Phước Tượng. Đồng thời, Bộ GTVT cũng đã báo cáo đề xuất Thủ tướng Chính phủ bỏ không thu phí tại trạm La Sơn - Túy Loan. Quyết định này đã làm giảm nghiêm trọng nguồn thu của dự án.

Để duy trì hoạt động các hầm, doanh nghiệp cần có nguồn chi phí để chi trả lương cán bộ, nhân viên, nhân công, nhiên liệu vận hành máy móc thiết bị, chi phí điện... Với tình trạng nguồn tiền ứng ra từ vốn chủ sở hữu hiện nay của doanh nghiệp quá lớn và kéo dài, khó khăn nhưng không được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quan tâm giải quyết. Theo đó, nhà đầu tư - Công ty CPĐT Đèo Cả sẽ đối diện với việc không thể tiếp tục chi trả các chi phí quản lý vận hành các hầm Đèo Cả, Hải Vân 1. Những vấn đề trên sẽ dẫn đến nguy cơ gián đoạn hoạt động của các hầm Đèo Cả, hầm Hải Vân 1 trong 1-2 tháng tới nếu các vướng mắc này không được Bộ GTVT và Chính phủ tháo gỡ kịp thời.

Nhà đầu tư - Công ty CPĐT Đèo Cả đã kiến nghị nhiều lần nhưng chưa được Bộ GTVT tham mưu kịp thời hướng giải quyết cho Thủ tướng Chính phủ. Hiện nay, mặc dù gặp nhiều khó khăn như vậy nhưng nhà đầu tư - Công ty CPĐT Đèo Cả vẫn đang tập trung nguồn lực để hoàn thành hầm Cù Mông đưa vào khai thác trước Tết nguyên đán năm nay và tại hạng mục mở rộng hầm Hải Vân đã khoan được gần 4.000 m hầm/6.300 m. Đồng thời, đang nỗ lực làm việc với nhà thầu quản lý vận hành hầm Hải Vân 1 (HAMADECO), Điện lực Đà Nẵng để duy trì công tác quản lý vận hành hầm Hải Vân 1. Tuy nhiên, những cảnh báo về nguy cơ gián đoạn hoạt động của các hầm Đèo Cả, hầm Hải Vân 1 là có cơ sở, vì nếu chỉ mình Công ty CPĐT Đèo Cả nỗ lực thì cũng không thể nào đảm bảo được kinh phí cho công tác này.